空港西側の一部地域に航空法で定める「制限表面」を超える立木や土地が残り、現状のままでは開港ず、この結果、富士山静岡空港は本来2500m滑走路の機能を有する空港だったが、航空機の運航の安全を確保するため支障物件を回避した運航が可能となるよう、暫定的に滑走路を2200mに短縮しての運用となった。

しかし、このためには滑走路の航空灯火等を追加して整備する必要があり、この工事期間に加えて国による完成検査等の一連の開港準備手続に必要な期間を勘案すると、最も遅い場合であっても来年7月と見込んでいる。